エンチャントにより発達した世界3大シティのひとつ、ヨコハマシティから物語は始まる。主人公のアツマは、ヨコハマエンチャント総合付属大学に通う学生。見かけはごくふつうで、少々元気の余るだけの少年だったが、彼はある特殊な右腕を持っていた。だが、その力は過去にただ1度だけ使われるに止まり、それ以後はエンチャントの厳しい訓練を学校で受ける平穏な毎日だった。トウヤとマコトという親友に恵まれ、学校生活を楽しむアツマだったが、悪夢は突然襲ってきた……。

エンチャントを無効化するという特殊な能力を持つアツマ。そのせいで言われなき中傷を受けることに……。

右腕に"物質にかけられたエンチャントを無効化してしまう"という特異な能力を持つ。本来、エンチャントは"与える"ものであるにも関わらず、その逆の力を持つ彼はほかの学生から敬遠され、落ちこぼれ扱いを受けている。性格は単細胞な行動家で思い立ったら、あまり考えずに突き進んでしまうためトラブルが絶えない。

アツマと同じエンチャント総合付属大学に通う同級生。優れたエンチャント能力を持つエリート中のエリートだが、なぜか落ちこぼれのアツマと付き合っているため、周囲は不思議に思っている。クールで知的な性格と洗練された物腰から、学園内でファンが多い。物語の序盤でデビルゴーレムのクイーン・オブ・アイスに捕らえられる。

性別はオカマ（生物学上は♂）、筋金入りのオカマ中のオカマ、キング・オブ・オカマである。トウヤ同様、同じ学舎でエンチャントを学ぶ。ふたりとの関係は親友だが、トウヤのことを盲目的に愛しており、マコトの行動はすべてトウヤを指針としている。トウヤと仲のいいアツマに対しては基本的にけんか腰で接している。

舞台はヨコハマエンチャント総合付属大学。のどかな大学内のひととき。講義中の教室で居眠りをするアツマと、それを見守りながら起こすべきかを小声で話すトウヤとマコト。講義で教鞭を振るうのは、見るからにひとクセもふたクセもありそうなコウ先生……。寝ぼけて返答するアツマだが、どうなる？

イベントシーンは映画さながらのカット割りで演出される。これは序盤の1シーンだ。会話は一方通行で終わるものだけでなく、選択肢が表示されるものも用意されている。

アツマたちが通う大学の教授。教師として優秀であるとともに、エンチャント技術の研究者としても一線級。とくに有機的な素材を利用したエンチャントでは第一人者と言われており、その才能はヨコハマシティ軍から研究の協力を依頼されるほど。本作プロデューサー竹内氏の過去のインタビューで、悪側の人間になることが言及されている。

講義のあと、ヨコハマシティの広場にくり出すアツマたち。そう、今日は年に一度のヨコハマシティの生誕を祝うお祭りの日だったのだ。お祭りではゴーレムどうしを戦わせる闘技場があり、アツマもそれに参加。無敵の快進撃を続けていた。
そんなアツマの前に、颯爽と登場するのは、まだあどけなさが残る少女、ゴーレムハンターのユウキ。白熱した闘いの最中、シティを襲う不可解な地震。物語はここから急展開することになる。

観客席から飛び降りてくる謎の少女ユウキ。ゴーレムハンターだと名乗るが、はたしてこんな幼い子どもが戦えるのだろうか？　ゴーレムファイトのスタートだ！

愛用の二挺拳銃を使ってゴーレムを狩り、賞金を稼いで生計を立てている。ハンターとしての自分に誇りを持っており、一度狙った獲物には異様なまでの執念を見せる。なぜこんな幼い少女がハンターにならなければならなかったのか？　友情と絆が本作のテーマだが、彼女にはもっと深く切ないテーマが秘められているのかもしれない。

1000年まえのゴーレムウォーに出現した禁忌なる存在がデビルゴーレムである。人々はデビルゴーレムを恐れ、多重の封印をかけて各シティの奥へと隠した。
しかしその封印は破られることになる。大地震とともに暴走を始めるゴーレムたち。そして氷の女王、クイーン・オブ・アイスの復活……。しかもその原因はアツマの右腕の能力によって引き起こされてしまったのだ。目覚めたばかりのクイーン・オブ・アイスはヨコハマシティを急襲。すべてを氷で覆い尽くした……。

ヨコハマシティの地下にある封鎖区画に封印されていたデビルゴーレム。氷の属性に特化した戦闘型ゴーレムで、女性の形態を持ち高度な知能を持つ。ただし人間の人格に比べると明らかに必要なものに欠けているのも事実である。分子の動きを膨大なエーテルによって、遅延・固定・収縮化することによって、絶対零度さえ操ることができる。

圧倒的な力でヨコハマシティを凍り付かせるクイーン・オブ・アイス。お祭りで賑わっていたシティの人々は、恐怖する間もなくつぎつぎと動きを止めていく。戦慄の光景だ。

崩壊したヨコハマシティから物語はどう展開するのか？　どうやら世界三大シティを巡る旅になりそうだ。最初に訪れるのは長い歴史を誇るロンドンシティ。なぜデビルゴーレムが復活したのか？　ロンドンシティに封印されたデビルゴーレムの存在、アツマの右腕に宿る力はいったい何なのか？　多くの謎に包まれた冒険の旅が、ここに始まる。

まぶしく光る右腕は、何をもたらすのか。広大なフィールドにはどんな謎が隠されているのだろうか？　その秘密はゲームプレイで明らかになる。

ヨコハマシティとは違い、中世ヨーロッパ的な世界観を持つというロンドンシティ。果たしてどんな物語が待ち受けるのか？

ロンドンシティではカリンとライガというふたりのキャラクターに出会うことになるが、ふたりともレジスタンス組織の一員という設定となっている。ゴーレムに支配されたロンドンの地を取り戻すためのレジスタント（抵抗）活動なのだろうか？　ロンドンシティでは、第2のデビルゴーレム"炎帝"の出現など、波乱なストーリーが用意されている。

ロンドンシティの王城の奥底に封印されているデビルゴーレム。炎の属性に特化した戦闘型ゴーレムで、分子の動きを莫大なエーテルによって加速することにより灼熱の炎を操ることができる。男性の形態を持つが、体全体が炎に包まれており、見た目は精霊に近い。

アツマたちが最後に訪れる世界三大シティがキョウトシティだ。純和風な雰囲気を持つ都市で、古くから"ショウグン"による封建制度で統治され、現在はトキムネが暴君の名をほしいままにしている。ここではショウグンに仕えるサムライのサヤカと同じくニンジャ軍団を率いるオボロと合流。果たしていかなる物語が用意されているのだろうか？　君の目で確かめてほしい。

孤高のニンジャマスター。一族の長としてニンジャ軍団を率いている。本来仕える主君を亡くし、鞍替えをつぎつぎと行っており、現在はショウグンであるトキムネに仕えている。善悪の概念には執着せず、ひたすら一族のことを考えて行動している。巨大な手裏剣を操り、変幻自在な攻撃が特徴。暗殺技術に長けている。

キョウトシティのショウグンに仕えるサムライ。居合いの達人で、里に代々伝わる霊刀からくり出される斬撃は凄まじいまでの速さと鋭さを誇る。サムライ道を貫き、仁、義、礼を重んじ、主であるショウグンに絶対的な忠誠を誓っている。物腰はやわらかでていねい。少し抜けたところがあるが、キレると怖いという二面性を持っている。